米對清酒的味道與品質有很大影響，而釀造主要使用米的中心，澱粉集中的部份，外殻及胚芽等皆不用；磨米將不需要的部分磨走，磨走後淨餘的百分比可稱為「精米步合」，影響著清酒的味道。

精米步合低，即磨掉較多米粒外圍，只留較純淨澱粉質的米心，加上以低溫慢速發酵，讓酒趨向芳香細緻。

精米步合高，即保留更多米粒外圍的養份，給予酵母更多能量，釀出酒體複雜，更有「米」風格的清酒。

不同規格的清酒，對精米步合亦有不同的要求：

純米酒系

無添加釀造酒精

本釀造系

添加釀造酒精

不同規格的酒各有特色， 以清酒迷都耳熟能詳的「獺祭 二割三分」來說，即精米步合23%，即其1公斤酒米只磨剩230克。雖然使用機器打磨，所需的時間亦很長，70%的精米步合就需要11小時，此工序成本驚人。

但精米步合並不是愈低愈好，有時候低精米步合較難體現米的原有個性，不少清酒品牌也以高技術配搭保留一定程度的精米步合，做出香氣口感與「米」香並存的清酒。

清酒保存

在清酒釀好後，如何貯藏保持品質亦是重要的一環。

經壓榨後的清酒，需令酵母功成身退停止發酵，藏人們會以「火入」作殺菌程序。「火入」為日文漢字，意指加熱處理，一般溫度約攝氏65度，可算是非常「低溫」的殺菌方法，停止酵母繼續進行發酵活動。

在以往未有恒溫的運輸方法，釀造好的清酒要運到各地的飲家手中前，一般經過兩次火入，第一次於貯藏前，第二次則為入瓶出貨前，才安全流出巿面。